朱棣是朱元璋的第四个儿子，生于元至正二十年(1360年)。洪武元年(1368年)，朱元璋登皇帝位时，朱棣已是一个英俊少年了。据说他“姿貌秀杰，目重瞳子，龙行虎步，声若洪钟”，洪武三年，朱棣被封为燕王。他胸怀大志暗中有夺嫡之心。但当时尚不为人知。成年后朱元璋为他娶了功臣徐达之女，后来这位徐氏为他的事业立了大功。朱棣曾因为过错不为父母喜爱，也不知如何是好。朱元璋几次想废掉他，由于廷臣的力谏，才保了下来。一次朱元璋作梦，梦见二龙飞入殿中搏击，黄龙胜而得气，白龙败而蝘蜒。第二天早上，朱元璋上朝，看见皇太孙在殿右角，朱棣在他的左前，位在皇太孙之上，心中不快，才发现燕王有夺嫡之意，但没有表露。朱元璋下令将他关在别院，令宫中不许送吃的。只因为马皇后可怜他，偷偷送吃送喝，他才得以不死。好长时间，朱棣才得到释放。洪武十三年，朱棣就藩到北平(今北京)，后来成为威震一方的亲王。
分封诸王是朱元璋经过深思熟虑而后决定的。他认为，元朝的灭亡，有一条重要原因就是主弱臣强，皇帝不得藩屏之助。因此，朱元璋要让众子孙都来出力，以维护朱家皇朝。朱棣共有兄弟26人，除长兄朱标被封为太子，九弟、二十六弟天逝外，23人都被封为王。这些亲王被安排在全国各要害之地，享有很高的待遇，虽公侯大臣亦不得与之钧礼。在经济上，他们不仅享有丰厚的岁禄，还常常得到皇帝的各种赏赐。每位亲王拥有被称作“护卫”的少量军队，少的3000人，多的15000人。名义上，亲王不赛干预地方事务。但是在紧急情况下，亲王可调遣王国所在地的镇守兵。每有军事行动，诸王都要带领护卫随军出征，那些在疆场上叱咤风云的将帅，虽身为大将军，也要受到这些年轻亲王的节制。在诸王之中，以晋王、燕王最被倚重。
洪武初年，虽然元顺帝带领臣属北遁朔漠，但仍拥有相当的实力。为了降服强敌，朱元璋发动了一次又一次的北征。故元势力在明军的打击下日趋衰落，镇守边塞的亲王却在战斗中成长起来。
洪武二十三年(1390年)正月，朱元璋命傅友德为大将军，率列侯赵庸、曹兴、王邢、孙恪等赴北平，训练军马，听燕王节制，以出征漠北。山西的军队归晋王节制。燕王率傅友德等出古北口，侦知元将乃儿不花等驻牧迤都，遂麾师前进。这时适逢大雪，诸将欲待雪止再进军。朱棣说：“天雨雪，彼不虞我至，宜乘雪速进。”
大军进抵迤都，与元军仅隔一沙碛，竞未被发觉。虽以重兵压境，朱棣仍欲智取。于是他派部将观童前往敌营劝降。观童与乃儿不花是老相识，二人相见，不禁相抱而泣。正在这时，明军已近围敌营。元军大败，乃儿不花想乘马逃走。观童告诉他这是燕王的军队，不必害怕。于是，乃儿不花与观童一起到明军营帐中请降。燕王设酒款待，乃儿不花深受感动，便带领他的全部部落和马驼牛羊，一起归降了明军。捷报传到京师，朱元璋高兴地说：“肃清沙漠者，燕王也！朱元璋屡次命令燕王帅师出征，又令他节制沿边军马，燕王威名大振。史书说他“貌奇伟，美髭髯，智勇有大略，能推诚任人”。又说他“料放制胜，洞烛万里，威震朔漠”，燕王扫北”的传说至今还流传在民间。
朱元璋立长子朱标为太子，引起诸王；特别是秦、晋、燕王的不满。他们之间早已开始了明争暗斗。史载晋王到朱元璋处告燕王“劳师冒险”，又日夜搜求燕王的“国中细故”’“专欲倾陷燕王”，燕王每入朝，太子“数以语见侵”等等，其间剑拔弩张之势十分明显。
洪武二十五年(1392年)太子朱标死，秦、晋、燕王无不窥伺皇位，但朱元璋接受了学士刘三吾的建议，立皇孙朱允炆为皇太孙，以杜绝诸王对皇位的觊觎。不久，洪武二十八年，秦王死。洪武二十一年，晋王死。朱棣的两个强有力的对手消失了，他成为诸王中最年长者。这时朱棣的羽翼已经丰满，不但有久征惯战的护卫军，权限上也早早超出了“列爵不临民”的规定了。
晋王死后一个多月，朱元璋曾给朱棣一道敕谕：“朕诸子独汝才智，秦、晋已藻，系汝为长，攘外安内，非汝其谁?……尔其统率诸王，相机度势，防边义民，以答天心，以副联意。”无疑，这时朱元璋已把朱棣看作维护朱家皇朝的一个支柱，对他寄予很大希望。然而，朱元璋毕竟精明过人，他也虑及燕王权势过大，对继任皇帝构成威胁，所以，朱元障临死时告诫：“燕王不可不虑”，并下遗诏：“诸王临国，毋得至京。王国所在文武吏士，听朝廷节制。”正显示出他的这一忧虑。
然而，形势已经无可逆转。朱元璋一死，朝廷与燕王之间的斗争便公开化了。