历代王朝开国皇帝都为自己创建国家的长治久安煞费苦心，朱元璋也不例外。他这个原本只在潜意识里存在称王称帝非分之想的贫苦农民，是踏着传统儒家铺垫好的“顺天应人”道路，走上了合法皇帝的宝座。
朱元璋称帝后，首先要确定在哪儿定都，当时朝中大臣各抒已见。有的提出金陵是天府之国，财富充盈；有的认为洛阳地处全国中央，在那里建立都城，四面八方向朝廷进贡路程均等；有的主张汴梁是宋朝故都，建都具有汉族复兴的深刻含义；也有人称道北平(今北京)元朝宫室完备，可资利用，节省民力，不再大兴土木。朱元璋仔细聆听了各种意见，经再三斟酌，朱元璋正式下诏以临濠为中都，建置城池宫阙。实际是他浓厚的乡土观念，促使作出这一决定的。中都工程进行了6年，耗费了无数钱财人力以后，洪武八年(1375年)停罢了。刘基在沼建中都时就曾坚决反对，认为无论就政治、经济、地理各方面来说，临濠都不具备作为都城的条件。但是，到朱元璋醒悟过来，已经花费了巨大的人力和财力。
洪武十一年(1378年)，朱元璋下诏改南京为京师，才算正式确定了国家首都。
开国以后，朱元璋总结历史上成败治乱的经验教训，形成自己的一套治国思想，他在政治、军事、经济等各方面进行了改革，建立起一系列典章制度，用来治理国家和安定社会，达到巩固王朝统治的目的。
中国历代汉族为首建立的封建王朝，最大威胁大都是来自北方。明初，元顺帝及太子北走大漠，仍保有相当的军事力量，时有卷土重来之举，所以北部边防具有特殊重要的意义，靠皇上本人往来巡狩是不可能的，派出北征大军也不是长久之计，必须要有可靠的人拥重兵镇守才行。把大权交给功臣宿将吧，历史上又有藩镇割据，尾大不掉的沉痛教训。为了朱家王朝的永存，朱元璋想来想去，想到的只有自己的亲骨肉。因此建国第二年(1369年)他就颁定了分封诸王之制。
对于分封制的弊害，洪武九年(1376年)竟由一个山西平遥的小小训导叶伯巨尖锐地指了出来。他上书给朱元璋，明确谈到“分封过侈”的问题，但是，朱元漳对这种清醒的预见根本听不进去，认为是在离间他们父子骨肉之情，把叶伯巨抓来囚死狱中。从此，再也没有人敢劝说朱元璋分封的事了。
朱元璋埠对地方机构的改革明显加强了中央集权，大大削弱了地方割据的可能性。这一改革为他以后对中央机构进行大规模改组，提供了成功范例。
要形成庞大的官僚网，就必须大规模网罗人才，朱元璋在明初实行荐举、学校、科举三条途径，选拔官吏充实王朝统治机构。开国前他就非常重视人才，大量延聘儒士。求贤纳士构成朱元璋用人的一大特点。开国后，多次下沼求贤，采用荐举方式大量招揽人才，其中儒士最多。荐来的人许多被授以大官，如尚书、侍郎、布政使等等，由布衣而登大僚的不可胜数。
为了统治需要，必须培养新的统治人才。洪武三年(1370年)，朱元漳下诏正式设立科举。科举制度自隋唐以来一直是历朝选拔官吏的重要途径，朱元璋总结前朝科举制度的得失，要求录取通晓儒家经典而又德才兼备、名实相符的人才。
朱元璋出身于社会底层，从小亲眼目睹元朝官吏的所作所为，深感痛恨。洪武二年(1369年)二月，他曾说：“从前在民间，见州、县官吏大都不体恤百姓，贪财好色，饮酒废事，对老百姓的疾苦漠然视之，心里恨透了。如今要严立法禁，凡有官吏贪污蠹害百姓的，决不宽恕”(《明太祖实录》卷三八)。从这段话可以知道，出身于贫寒百姓的朱元璋为什么决心要整顿吏治。
朱元璋整顿吏治起到了一定效果，而性格的猜忌多疑，也使他滥杀了不少人。为了整顿吏治，朱元璋还详定了官员考课的办法。采取考满和考察两种考核官员方式。
在对外政策上，朱元璋吸取元朝的失败教训，把周围邻国都作为不征之国，实行睦邻友好的政策。他没有对外扩张的野心，只主张保境安民，并一再告诫子孙遵行。这种对外政策虽为明初社。会经济状况所制约，而保境安民的思想出在农民出身的皇帝朱元璋身上，则一点也不奇怪。