历代王朝开国皇帝都为自己手创国家的长治久安煞费苦心，朱元璋也不例外。他这个原本只在潜意识里存在称王称帝非分之想的贫苦农民，是踏着传统儒家铺垫好的“顺天应人”道路，走上了合法皇帝的宝座，深明打天下，治天下的要旨。他十分注意吸取历代封建王朝统治国家的经验教训，试图建立万世一系、铁桶般的天下。
朱元璋从东南起家，应天是他早年的根据地，他从那里挥戈四向，统一南北，也是在那里南面称王乃至称帝的。对应天这一龙飞之地，自然有着特殊感情，更何况“财赋出于东南，而金陵为其会”，因而有意建都应天。但是他听儒臣们说，“有天下者非都中原，不能控制奸顽”，因此，洪武元年(1368年)八月，朱元璋决定仿古代两京之制，以金陵(应天)为南京，汴梁(开封)为北京。
第二年，陕西平定，北方尽入朱元璋的版图，建都的问题重新提了出来。当时朝中大臣各抒已见。有的提出金陵是天府之国，财富充盈；有的认为洛阳地处全国中央，在那里建立都城，四面八方向朝廷进贡路程均等；有的主张汴梁是宋朝故都，建都具有汉族复兴的深刻含义；也有人称道北平(今北京)元朝宫室完备，可资利用，节省民力，不再大兴土木。朱元璋仔细聆听了各种意见，说出了自己的看法。他认为：长安(今陕西西安)、洛阳、汴梁曾是历史上的古都，但这三地在明初经战乱尚未恢复过来，如果建都，要花费大量人力、物力，而这都要取自江南，要重创民力。北平原是元代都城，可是作为新王朝的首都，不可能不加以更改就利用，重新修建也非易事。考虑来考虑去，他仍舍不得应天，想到它凭据长江天险，又倚钟山之固，可以立国。更何况是东南物资的集散地，有自己苦心经营了十几年的殿阁规模，如不迁都，可省去大兴土木的民力和营建费用。还有他的左右文武大臣中江淮人居多数，也不愿远离乡土。因此他说南京拥有长江天堑，龙蟠虎踞，可以建都立国；他的家乡临濠(今安微风阳)前有长江、后有淮河，可以依险守卫，又有漕运之便，他已打定主意立为中都。于是，明朝开国不久，就出现了两京(南京、北京)、一都(中都)，南、北、中三都制的复杂状况。
八月，朱元璋正式下诏以临濠为中都，建置城池宫阙。实际是他浓厚的乡土观念，促使作出这一决定的。中都工程进行了6年，耗费了无数钱财人力以后，洪武八年(1375年)停罢了。刘基在沼建中都时就曾坚决反对，认为无论就政治、经济、地理各方面来说，临濠都不具备作为都城的条件。但是，到朱元璋醒悟过来，已经花费了巨大的人力和财力。
洪武十一年(1378年)，朱元璋下诏改南京为京师，才算正式确定了国家首都。然而，首都偏于东南，此后迁都问题仍不时缠绕着朱元璋，直至太子朱标在洪武二十五年(1392年)死后，他才心灰意冷，不再提起。
现实的问题是，王朝首都位置偏在东南，势必对北方鞭长莫及。中国历代汉族为首建立的封建王朝，最大威胁大都是来自北方。明初，元顺帝及太子北走大漠，仍保有相当的军事力量，时有卷土重来之举，所以北部边防具有特殊重要的意义，靠皇上本人往来巡狩是不可能的，派出北征大军也不是长久之计，必须要有可靠的人拥重兵镇守才行。把大权交给功臣宿将吧，历史上又有藩镇割据，尾大不掉的沉痛教训。为了朱家王朝的永存，朱元璋想来想去，想到的只有自己的亲骨肉。因此建国第二年(1369年)他就颁定了分封诸王之制。
对于分封制的弊害，洪武九年(1376年)竟由一个山西平遥的小小训导叶伯巨尖锐地指了出来。他上书给朱元璋，明确谈到“分封过侈”的问题，充满忧虑地指出，裂土分封，使诸王各有分地，封国连城，甲兵众多，恐怕数世以后，将会形成尾大不掉之势。如果那时再削地夺权，则他们必然心生怨恨，以致发展到起兵反叛朝廷的严重地步，到那时防备就来不及了。但是，朱元璋对这种清醒的预见根本听不进去，自以为是的他见书勃然大怒，认为是在离间他们父子骨肉之情，把叶伯巨抓来囚死狱中。从此，再也没有人敢劝说朱元璋分封的事了。
开国以后，朱元璋总结历史上成败治乱的经验教训，形成自己的一套治国思想，他在政治、军事、经济等各方面进行了改革，建立起一系列典章制度，用来治理国有家和安定社会，达到巩固王朝统治的目的。
首先，靠军事力量统一南北。打下江山的朱元璋，深深懂得要维持王朝统治，必须牢牢将军队控制在手中。于是，他与刘基权衡历代征兵制和募兵制的利弊，创建了卫所制度，也叫军卫法。到洪武七年(1374年)八月，卫所制度正式建立，成为明代军队的编制体制。
新王朝创建后，从中央到地方都需要建立健全一个庞大的官僚网来帮助皇帝治理国家，朱元璋力图建立的正是一个强大的高度中央集权君主专制封建干朝，因此政府统治机构的重建和改革很决就提上了日程。
起初，从中央到地方的各级政府机构，基本上沿袭元朝。朱元璋对地方机构的改革明显加强了中央集权，大大削弱了地方割据的可能性。这一改革为他以后对中央机构进行大规模改组，提供了成功范例。
要形成庞大的官僚网，就必须大规模网罗人才，朱元璋在明初实行荐举、学校、科举三条途径，选拔官吏充实王朝统治机构。开国前他就非常重视人才，大量延聘儒士。求贤纳士构成朱元璋用人的一大特点。开国后，多次下沼求贤，采用荐举方式大量招揽人才，荐举的名目有多种：聪明正直、贤良方正、孝弟力田、儒士、孝廉、秀才、人才、营民等等，其中儒士最多。荐来的人许多被授以大官，如尚书、侍郎、布政使等等，由布衣而登大僚的不可胜数。
为了统治需要，必须培养新的统治人才。朱元璋早在至正二十五年(1365年)就在应天创办了国子学。洪武十五年(1382年)改名国子监。这是设在中央的官学。设在地方的叫府、州、县学，是开国后他下令在全国普遍设立的。洪武八年(1375年)，他又命地方设立社学。明初从今央到地方各级学校的设立，不仅为封建王朝培养和造就了大批统治需要的人才，而且也推动了教育的社会化。
洪武三年(1370年)，朱元璋下诏正式设立科举。科举制度自隋唐以来一直是历朝选拔官吏的重要途径，朱元璋总结前朝科举制度的得失，要求录取通晓儒家经典而又德才兼备、名实相符的人才。规定科举考试分为乡试、会试、殿试三个步骤。但在乡试之前，先要取得生员(府、州、县学生员)，俗称“秀才”的资格。朱元璋锐意改革，录取实才，在乡试笔试三场以后，增加骑、射、书、算、律的复试。科举进行三年，洪武六年(1373年)下令停止，这是因为朱元琼认为取中的人才不能符合他的要求，不能学以致用。到洪武十七年(1384年)他才又恢复科举，命礼部制定《科举成式》颁行全国。规定每三年在省城举行乡试，中式的成为举人。乡试第二年，举人会考于京师，称为会试。会试后由皇帝亲自复试，叫做殿试，取中的成为进士。进士分为一、二、三甲，一甲三人，称状元、榜眼、探花，赐进士及第；二甲若干人，赐进士出身；三甲若干人，赐同进士出身。凡考中进士的，即授予宫职。
朱元璋整顿吏治起到了一定效果，而性格的猜忌多疑，也使他滥杀了不少人。他杀戮官吏最多的两次是洪武八年(1375年)的空印案和十八年(1385年)的郭桓案。这两案株连被杀的达数万人。
为了整顿吏治，朱元璋还详定了官员考课的办法。采取考满和考察两种考核官员方式，根据官员品秩，分别制定时间和内容，“综其称职、平常、不称职而陟黜之”。他十分重视官员安抚百姓的作用，把农桑兴学作为地方官考核的重要内容。
虽说朱元璋对宦官很有戒心，但有明一代庞大的宦官二十四衙门之制也是启之于他，终洪武一朝，宦官也多有被派出使的。所以谈迁曾评论说：可以奉使，也可以镇守、监军、采榷、封贡。天下的祸患，常常发生于意料之外。太祖既然料到了，可是没有坚持到底。然而平心而论，朱元璋还算是明代皇帝中防范管束宦官最为严厉的。
作为封建统治者，朱元璋要严格控制全国的人力和财力。
为了打击隐瞒土地，逃避赋役的情况，朱元璋在洪武二十年(1387年)，在全国范围内普遍丈量土地，把全国土地田亩面积、方圆四至，编列字号，标上田主姓名，绘制成图册。因为图上田亩状类鱼鳞，所以叫鱼鳞图册。鱼鳞册始于宋朝，但只在个别地区施行，现在全国都施行了。这种图册也是一式4份，分存各级政府，作为王朝征收赋税的根据。鱼鳞图册制度与黄册制度相辅而行，构成明朝赋役来源的根本保证。
明初赋税基本卜沿袭唐宋以来的两税法。为了使国家赋税收入得到保证，朱元璋还实行了粮长制度。粮长由地方上田多的人充当，负责田赋的催征、经收和解运。朱元璋认为这是以良民治良民，“必无侵渔之患矣”。但法久弊生，粮长们每每利用职权，害民肥己，把赋税转嫁到贫苦农民身上。
在对外政策上，朱元璋吸取元朝的失败教训，把周围邻国都作为不征之国，实行睦邻友好的政策。他没有对外扩张的野心，只主张保境安民，并一再告诫子孙遵行。这种对外政策虽为明初社。会经济状况所制约，而保境安民的思想出在农民出身的皇帝朱元璋身上，则一点也不奇怪。
（如果想看，请继续看朱元璋是怎样劝农桑，安养生息的）