公元1387年（天元九年，洪武二十年）明太祖朱元璋明宋国公冯胜为大将军，颖国公傅友德、永昌侯蓝玉为左右副将军，率兵二十万进攻纳哈出。明军经过通州迂回至庆州（今内蒙古巴林左旗）打败了元守军，同时又让被俘的元将乃剌吾携书北还劝降。然后从庆州出发，分别驻兵大宁（今内蒙古宁城县西）、宽河（今河北宽城县）、会州（今河北平泉县南）、富裕（今河北平泉县北）四城与辽阳金州沿海一带，形成对纳哈出的包围之势。
六月冯胜逼近纳哈出，迫于明军的威胁，纳哈出归降明朝，自此蒙古相继失去了山西、陕西、辽东、云南等地的精锐部队。朱元璋乘胜追击，准备一举消灭蒙古实力。
公元1388年（天元十年，洪武二十一年）3月，蓝玉等率十五万明军，由大宁进庆州，得到元帝脱古思帖木儿在捕鱼儿海（贝尔湖）的情报，即日夜兼程而进。4月12日凌晨明军到达了捕鱼儿海南，侦察得知元主营在海东北八十余里。蓝玉命王弼为先锋，直奔哈剌哈河（今同名）畔的大汗斡耳朵。当时大风飞扬，北元君臣毫无戒备。太尉蛮子仓促应战，兵败被杀。脱古思帖木儿与太子天保奴在知院捏怯来、丞相失烈门等的护卫下北走和林，途中在土拉河遭到蒙古别部首领也速迭儿（元世祖忽必烈系阿里不哥后裔）的袭击。捏怯来等保护脱古思帖木儿脱身，正遇到丞相咬住与太尉马儿喻咱率军士三千人迎驾。但也速迭儿派兵再次袭击，终于脱古思帖木儿与太子天保双双被杀害，捏怯来和失烈门投降明军。
明军在此战中俘虏吴五朵儿只等2994人，军士男女77037人，获得马驼牛羊15000匹头。北元在军事和经济方面的损失惨重。大汗直接拥有的财富，以及直接指挥军队的覆灭，不仅使北元和明朝之间的形势发生了急剧的变化，而且震动了整个蒙古，是明代蒙古史上的一个重大事件。