和通脑儿战役的胜利，增强了噶尔丹策凌汗的信心，他决定挤走北路清军，收复喀尔喀。
公元1732年（雍正十年）6月，小策凌敦多卜在喀喇额尔齐斯之北的奇喇山一带奉命集结三万士兵。7月初，分两路出兵开往土拉与克鲁伦，一路煽动喀尔喀反清，指望“全部蒙古人都归附于他们的保护之下”。可是以额驸策凌为首的喀尔喀军队在清军的配合下坚决抵抗准噶尔军。
两路军由归准噶尔的喀尔喀巴济公、贝子矛海和达锡达尔带路，挺进了喀尔喀，经察罕布尔噶苏（在科布多的南部），绕过杜尔根泊，到达察罕叟尔清军大营西北的乌孙珠尔，两路军就此安营扎寨。察罕叟尔大营的靖边大将军锡保，仅率兵三千出战。7月14日，准噶尔军击退了前来的三千清军。7月20日，准噶尔军队沿杭爱山之北继续东进,行抵察罕叟尔大营正北一百五十里出的克尔森齐老扎营。额驸策凌和将军马尔岱率不足一万人的清军，迎战准噶尔军于克尔森齐老。亲王丹津多尔济与锡保由于害怕准噶尔军队，不敢出兵相助，准噶尔军队与额驸策凌的军队在此激战了二日，最终额驸策凌不敌撤走。
于是准噶尔军乘势直奔喀尔喀腹地额尔德尼召，欲攻取哲卜尊丹巴呼图克图。但是雍正皇帝早有准备。1731年9月他已经下令将哲卜尊丹巴呼图克图隐居于内蒙古的多伦诺尔。因此，准噶尔军队到达额尔德尼召后一无所获。当小策凌敦多卜探知额驸策凌与清军在本博图山岭备兵以阻截准噶尔军队的归路时，派兵潜袭他密尔河畔的额驸策凌的牧地，抢了额驸策凌的子女以及牛羊数万。驻守本博图的额驸策凌得知后，“断法及所乘马尾誓天”誓与准噶尔军队决一死战，并派兵寻找准噶尔军队的踪迹。由于小策凌敦多卜屡战屡胜放松了警惕，8月5日黎明前，额驸策凌率二万军队突袭了喀喇森济泊的准噶尔军营，同时急宝亲王丹津多尔济派兵支援。毫无准备的准噶尔军队，立刻大乱，仓促应战，自然无法与敌人对抗。准噶尔军队只好边战边退，最后退到了额尔德尼召，额驸策凌紧追不舍，一直追到额尔德尼召，与准噶尔军队又激战了二日。小策凌敦多卜由于担心丹津多尔济的增援部队，所以从杭爱山谷向鄂尔昆上游退却。此间额驸策凌组织的进攻连续了十余次，使准噶尔军队伤亡惨重，死伤近万人。小策凌敦多卜下令将所有器械辎重和牲畜塞满山谷，以此堵住清军追击之路。同时指挥二万人，自鄂尔昆河上游经推河，到达扎克拜达里克之南，放火烧掉了所过之处的草场，以此来阻截清军的追击。此时的丹津多尔济收到急报后仍按兵不动，不敢增援，驻守扎克拜达里克的清军将士登城观望准噶尔的军队，路过城南，缓慢西行，络绎不绝。此时守城清军有一万三千多人，但不敢出击，失去了很好的机会，放走了准噶尔军队。
经额尔德尼召战役后，准噶尔失去了与清朝抗衡的实力，也为雍正皇帝提供了与准噶尔讲和的台阶。公元1734年双方在准噶尔谈判划分准噶尔与喀尔喀的边界线。经过五年的反复谈判，终于在公元1739年（乾隆四年）冬正式达成了协议，协议规定：循布延图河，南以博尔济、昂吉勒图、乌克克岭、噶克察一线为界；北以孙多尔库奎、多尔辉库奎至哈尔奇喇、博木喀喇、巴尔楚克等处为界；瓦剌特人在山后游牧，不得越过阿尔泰岭；喀尔喀人只在扎卜堪（今扎布汗河）等处游牧。准噶尔与清廷之间的和平关系就此得到了恢复。