清廷通过怀柔为主、军事为辅的手段，征服蒙古，并用蒙古王公上层，大大加强了对蒙古人民的统治。但是，清廷漠南蒙古的征服并不是一帆风顺的，他们碰到过漠南蒙古的一系列反抗。
林丹汗长子额哲因病去世以后，其第阿布奈袭为亲王。但是，由于阿布奈对先人的耻辱耿耿于怀，多年不朝见，所以清廷将其革职下狱，囚禁在盛京。阿布奈有二子，长子布尔尼，次子罗不藏。布尔尼袭为亲王，但是布尔尼的态度与其父相同，相反由于阿布奈被囚，布尔尼对清朝仇恨加深。他于公元1672年与1674年曾两次进京朝贺，表面上对清朝顺从，但心里仍然图谋报复。
公元1673年（康熙十二年）十二月，南方爆发了“三藩之乱”三藩是指留镇云南的平西王吴三桂、留镇广东的平南王尚可喜和留镇福建的靖南王耿精忠。叛乱迅速蔓延南方，已经严重威胁清朝的统治。康熙皇帝派京师大军南征“三藩”，一时京城空虚。
由于战乱察哈尔部民人心混乱，因此布尔尼认为脱离清朝的时机已到，在公元1675年（康熙十四年）举兵反清。布尔尼与弟弟罗卜藏同阿杂里喇嘛、僧格浑津、噶尔马色冷、布达里、巴达里、巴呢、陈特塔尔、噶尔昭、噶尔马、薄托和等人密谋。三月，亲王布尔尼与弟弟罗卜藏筹备兵器、整顿和训练察哈尔右翼四旗兵马。察哈尔都统晋津，附牧察哈尔的喀尔喀公垂扎布也积极支持亲王布尔尼和罗卜藏的反清计划。亲王布尔尼派人联系调驻宣府的察哈尔左翼官兵的同时，又派人策动各旗蒙古王公参加反清起义。原察哈尔所属奈曼旗郡王札木禅积极响应了布尔尼的号召，布尔尼决定于三月二十五日起事。不料他的计划被从嫁的长史辛柱公主所发觉，她暗中派她的弟弟阿济根入京告密。清廷觉得事态发展严重，不能不采取对策。于是康熙帝与皇太后（孝庄文皇后）商量后，派侍卫塞棱赴义州，以议事为名，召布尔尼、罗卜藏入京。布尔尼知道是计策，没有进京，监禁了侍卫塞棱。三月二十五日，布尔尼亲王、罗卜藏、阿杂里喇嘛、僧额浑津喇嘛、喀尔喀公垂扎布、都统晋津、副都统布达里举事反清，率领数千人的队伍（其中也有奈曼旗郡王札木禅的队伍），直奔张家口，准备与调驻宣府的察哈尔左翼四旗的散秩大臣禅尔济、一等侍卫阿达、参领舒什兰会师。但是，这三人不敢与清廷对抗。而察哈尔左翼四旗官兵，不顾散秩大臣禅尔济的阻拦，在宣府哗变，毁长城边墙去投布尔尼亲王的队伍。三月二十七，布尔尼亲王的起义队伍到达张家口以北的鄂西奚，夺取御马厂和清朝大臣马厂的马群挺进张家口。
此时由于京师八旗官兵尽数南征，无力讨伐布尔尼。康熙帝深忧之时太皇太后向康熙帝推荐了大学士图海。于是康熙帝命多罗信郡王鄂札为抚远大将军，图海为副将军，率兵讨伐布尔尼。图海召集了京师满州蒙古八旗所有家奴，共数万人，挥师讨伐布尔尼。因为听到布尔尼要进攻盛京救阿布奈的风声，朝廷命奉天将军与宁古塔将军严守盛京。与此同时，派理藩院郎中马喇等到漠南东部诸旗征调兵马，科尔沁、阿禄科尔沁，翁牛特、巴林、敖汉、喀喇沁、土默特、扎鲁特诸旗王公纷纷请求出兵。
四月，鄂札率兵出征，在开往张家口的途中，图海以金银珠宝诱惑士兵，每到州县村堡，即令家奴抢掠一番，快到察哈尔境内时，又以察哈尔数百年基业，珠宝不可胜数，若能获取终身富贵来鼓舞士气，清军人人士气高涨。四月二十一日，将军鄂札和图海率领的队伍到达歧尔达素后，探知布尔尼队伍在达禄驻扎。四月二十二日，图海队伍到达禄时，布尔尼埋伏于山间，列阵等待。图海指挥队伍猛烈攻击，布尔尼亲率大队摆列火器抗击。图海队伍最终冲破了布尔尼的阵地，布尔尼大怒，两次组织人马进行英勇抗击，但仍不能抵挡图海队伍的连续进攻。喀尔喀公垂札布逃跑，都统晋津率部投降。布尔尼兄弟无法再战，领三十余骑突围，逃往扎鲁特境内。此时，科尔沁和硕额附沙津奉命率领王旗兵马到达扎鲁特旗的贵勒苏特，包围了布尔尼。罗不藏台吉是额附沙津的妹夫，于是面见沙津称兄布尔尼已经逃走，自己前来乞命。沙津命他先招来布尔尼方可饶命。于是遣三十人与罗不藏同往，布尔尼与罗不藏相见后，两人又一同逃走。沙津追到两人，将两人一一射死。
布尔尼之变不足两个月就以失败告终。清廷镇压布尔尼之后，采取种种措施，进一步削弱察哈尔的势力。首先，对布尔尼的父亲阿布奈处以死刑。其次对伙同布尔尼发动事变的察哈尔首脑，除已故死者外，都逮捕处刑；对追随布尔尼的察哈尔左翼四旗兵丁，令其驻防河南府，以赎其罪。再次调查户口，重编旗佐，改换游牧。
康熙帝对布尔尼时件的平定特别重视。闰五月。鄂扎与图海班师凯旋，康熙帝率众臣迎接，并赞扬他们：“远行征讨，灭察哈尔图，建立大功。”清朝先怀柔兵强马庄的科尔沁，后借故削弱俺答汗裔土默特势力，然后又绝察哈尔汗之后。至此可以说把漠南蒙古已经稳稳地控制在手中。通过这次事件的平定，清朝不仅消灭了察哈尔汗室，而且进一步铲除异己，使蒙古王公全部顺从了清朝。清朝在漠南蒙古的统治根本上确立，内蒙古的政治形势也最后稳定。