以妥欢铁木耳（元惠宗）为首的蒙古封建主被迫退出中原后，仍然希望再次入主中原，夺回大都。公元1369年（洪武二年）元惠宗命丞相也速率兵在白河驻扎，进攻通州。当时明军用兵秦晋，通州守备薄弱，不满千人。守将曹良臣料定元兵虽多，但士气不高，于是采用了虚张声势的战术，也速不明真情撤军，从而解除了元军压境的威胁。明军乘势进逼上都，北元又遭受了一次沉重的打击，从此之后元军节节败退。
元惠宗迫于明朝大军的威胁退守应昌（今内蒙古克什克腾旗达里诺尔湖两岸）。明军乘势占领上都，建立开平卫。第二年，明军兵分两路：西路军由大将徐达率领，自潼关出西安，进兵定西；东路军由李文忠率领由北平经万金，过野狐岭，直逼应昌。当北元重要据点兴和（今河北张北）失守后，应昌危急。夏历四月，元惠宗妥欢铁木耳在应昌病率，终年五十一岁。汗储爱猷识理答腊即位，史称元昭宗，年号宣光。东路军李文忠途中抓获北元侦察兵，得知惠宗已死，于是率兵兼程赶路，五月围攻应昌。昭宗已先期与数十骑北撤至和林（今蒙古共和国哈尔和林），李文忠率兵追击至北庆州，没有赶上返回。不久，明军攻克应昌，俘虏了惠宗嫡孙买的里八腊、后妃宫人、暨诸王、省院达官、士卒等，并缴获了宋朝玉玺，所得金银珠宝与驼马牛羊无数。沿途于兴州擒北元国公江文清等，降37000人于红罗山又降杨思祖部队16000余人。
同年，转入定西（今甘肃定西县）方面的扩廓铁木耳，也遭明朝西路军的进攻，双方激战于峪口（今甘肃定西县以北），扩廓铁木耳兵败，经宁夏退往和林，与爱猷识理答腊会合。
自此以后，北元汗廷迁至漠北。