引子：噶尔丹死后，他的侄子策妄阿拉布坦成了准噶尔地区的实际统治者，他曾派军队入侵西藏，企图通过宗教力量来达到统一喀尔喀蒙古的目的，但他并没有达到其预期目的，反而断送了和硕特汗廷。１７２７年策妄阿拉布坦暴亡，其长子噶尔丹策零即位，虽然噶尔丹策零向喀尔喀发起了多次进攻，但最终还是于１７３３年在清廷调停下与喀尔喀蒙古划定牧界。
１６９６年博硕克图汗噶尔丹死后，他的侄子策妄阿拉布坦成了准噶尔地区的实际统治者。
早在１６８８年噶尔丹进攻喀尔喀之时，策妄阿拉布坦就曾击败了准噶尔两个穆斯林的叛变，此后准噶尔内部谣传迭起，说仍有人准备叛变。逐渐强大起来的策妄阿拉布坦必然引起了噶尔丹的怀疑。为防止遭遇不测，１６８９年春策妄阿拉布坦同他的亲信率五千人马叛离噶尔丹，占据博尔他拉，以此为基地，另立准噶尔中心，同噶尔丹进行对抗。
１６９０年乌兰布通战役噶尔丹败亡，策妄阿拉布坦趁机占领噶尔丹的后方营地，使噶尔丹不得不败走科布多，失去后援，陷入极度困窘之中。
策妄阿拉布坦上台后，与清朝保持了近二十年的和平关系，但他并没有成为清朝的附庸，他只是为了争取时间，壮大实力。
为了加强同土尔扈特的关系，策妄阿拉布坦与土尔扈特汗室进行通婚，康熙帝曾想利用土尔扈特阿玉奇汗的力量来消灭策妄阿拉布坦但遭到失败。
随着准噶尔实力的恢复，策妄阿拉布坦对清朝的态度逐渐强硬起来，他并没有采取象噶尔丹那样的正面进攻，而是想夺取西藏，借助宗教力量来统领蒙古，以期最终与清朝决战。
１７１６年底，策妄阿拉布坦派军队入侵西藏，次年打败和硕特拉藏汗的军队，夺取了西藏。１７２０年清廷派军打败了准噶尔军队，结束了策妄阿拉布坦在西藏三年的统治。策妄阿拉布坦对西藏的远征，并没有达到其预期目的，反而断送了和硕特汗廷。
１７２７年策妄阿拉布坦暴亡，其长子噶尔丹策零即位，噶尔丹策零仍遵循策妄阿拉布坦的政策，试图与清朝保持和平关系，但是清廷认为“将不靖，必扰青海及唐古特”，于是决定一举消灭准噶尔。
１７２９年清廷命博尔丹为靖边大将军率北路军屯阿尔泰，命岳钟琪为宁远大将军带西路军屯巴里坤，出兵攻打准噶尔。噶尔丹策零率二万骑兵袭击清军据点科舍图卡伦。１７３１年(雍正九年)六月噶尔丹策零采用诈降战术，迷惑敌人，埋伏重兵，诱敌深入，在通淖尔(科布多以西２００里)清军进入准噶尔军包围圈，霎时“笳声远作，毡裘四合，如黑云蔽日”，清军一举被准军歼灭，副将军巴赛和查弼纳以下皆战死，逃回科布多仅二千人。噶尔丹策零大胜，“从容唱胡歌而返”。
和通淖尔战役后，一部分喀尔喀人归附准噶尔，但不久在九月的苏克阿勒达呼战役中，噶尔丹策零又被喀尔喀亲王策凌率领的清军打败。
１７３２年六月噶尔丹策零一面派小策凌敦多布领兵三万向克鲁伦进发，进攻喀尔喀蒙古，一面进行政治鼓动，企图使喀尔喀蒙古归附准噶尔，但是遇到以喀尔喀亲王——额附策凌为首的喀尔喀军队以及清军的坚决抵抗。噶尔丹策零得知额附策凌不在塔密尔河牧地，遂派精骑突袭牧地，尽掠策凌妻子。策凌获悉后，由前线返回牧地，“断发及所乘马尾誓天”，率两万蒙古兵夜袭准噶尔军营，准军大败后撤退，策凌紧追不舍，在鄂尔浑河边的额尔德尼召(又名光显寺，在今蒙古国乌兰巴托西南鄂尔浑河畔)战败噶尔丹策零，准军死者近万人，“尸满山谷，河水数十里皆赤”。
额尔德尼召战役后，准噶尔失去了与清廷抗衡的实力。１７３３年（雍正十一年）噶尔丹策零表示罢战请和，清廷派遣使臣参加喀尔喀蒙古和准噶尔蒙古关于划定牧界的会谈，经过五年反复谈判，议定以阿尔泰山为界，阿尔泰山以东为喀尔喀牧地，以西为准噶尔牧地。清廷与准噶尔之间的和平关系又得以恢复。