公元1241年（太宗十三年），窝阔台汗病逝。适逢储君贵由西征在外，无法赶回汗营即位，而大汗的小儿子失烈门又过于年幼，根本无力承担管理国政的重任。这些客观存在的因素在不经意间成就了乃马真氏的政治野心。公元1242年春，乃马真皇后正式称制摄政。
“结党营私、宠信奸佞、排斥忠良”是乃马真摄政后的一大致命弱点，尤其是她对商人奥都剌合蛮的听信导致了国力日衰。正是在这一时期，一代贤相耶律楚材尽毕生心血所推荐的“儒政治国”方针在得到了窝阔台汗的采纳和广泛推行之后却被乃马真皇后的一味宠信奸邪所摧毁殆尽，耶律楚材因此抱恨以殁。
不仅如此，乃马真氏甚至还废弃了成吉思汗的《扎撒》，并且发兵进攻南宋的两淮地区，导致了内政败坏，法度紊乱，民力匮乏。公元1246年，乃马真皇后还政于贵由（元定宗）后不久即病卒，其摄政时间长达5年，史称昭慈皇后。