朱祁钰虽然将英宗禁锢在南宫，严加防范，并且坚决不同意复立朱见濬为太子，但也不想做得太过份。刑科给事中徐正很想寻个机会博得皇上赏识，便请求密奏言事，朱祁钰立即予以召见。徐正密奏说：“太上皇临御岁久，威德在人，沂王尝位储副，天下臣民仰戴，宜迁置所封之地以绝人望，别选亲王子育之宫中。”朱祁钰听他说出这番话，先是惊悍，继而大怒，指着徐正连说“当死”，将他呵叱出宫。朱祁钰本想明正徐正之罪，又怕引起朝臣惊骇，便将他调为云南临安卫经历，让他远远离开京城。朱祁钰一想起此事，心里就有火，派人暗中调查徐正，了解到一些徐正的淫秽之事，遂又将他下狱定罪，发往辽东铁岭卫充军。
朱祁钰不肯恢复朱见濬的储君之位，还有另外一种打算，这就是他觉着自己才二十几岁，肯定还会生子以充储位。为了早得贵子，他不得不把许多精力耗费在妃嫔身上。这一点，朝臣们是有所耳闻的，钟同、章纶的上疏中，都提到让他远离美色，保养圣躬。其实，在明朝皇帝中，朱祁钰不算过分放纵情欲的，他之忙于女色，并非贪恋美女本身，而是为后嗣着想。不料越想要，越得不到，在朱见济天逝后，朱祁钰的众多妃嫔谁也没有能为他再生出一个儿子，倒是已有几个儿子的英宗，在南宫先后又得了三个儿子。
景泰七年(1456年)十二月下旬，朱祁钰身染沉菏，卧床不起。元旦在即，朱祁钰觉得自己的病体难以应付那繁琐的庆贺礼仪，便于二十八日下令，罢元旦庆贺礼，届时百官按朔望礼朝参。朱祁钰不想让廷臣知道自己病重，所以公开宣布的理由是近来星变不断，上天示警，故尔减损礼仪以答天戒。而群臣们则猜测，其中必另有隐情，一时议论纷纷，人心不安。礼科给事中张宁上疏指出，皇帝忽然宣布罢元旦庆贺礼，虽说是恭谨敬慎，诚奉天命，但朝廷内外岂能尽知陛下之心?必致讹言相传，有所惊讶。他请求皇帝勉顺旧章，举行庆贺大礼。朱祁钰览疏不悦，下旨斥责张宁“不识大体”。已经从各种渠道听说皇帝患病，推测皇帝已病得不轻，否则是不会轻易罢免朝贺大典的。于是，人们又开始暗中议论立储事，只是鉴于钟同、章纶之祸，谁也不敢明言。
二十日岁暮，应享太庙，朱祁钰为保省体力，遣武清侯石亨代祭。次日，是景泰八年(1457年)元旦，他强撑病体，御奉天殿，百官按朔望礼朝参。初六日是孟春，又当祭宗庙，仍命石亨代行。十三日，应在南郊大把天地。十二日，朱祁钰勉强支撑着，出宿于南郊斋宫。他本想亲行郊把大礼，但病势沉重，开始咯血，只得召石亨至榻前，命他摄行把事。祭毕，返回皇宫，令文武百官免行庆成礼。
于谦听说皇上咯血，十分忧虑，请求入宫问安。朱祁钰将他召到御榻前，说：“联自登极以来，谨守祖宗家法。昨天郊袍日期，联蒙祖宗暗中护佑，身体转安。欲亲行把典，不想又受劳累，以致呕血。”于谦伏奏：“陛下圣寿无疆，还宜保重。且陛下敬天法祖，天必默佑，圣体自获平安。”朱祁钰说：“若如此，至后天，肤当视朝了。”于谦拜别出宫。
在京各衙门的官员，纷纷前往左顺门问安，都察院左都御史萧维帧、左副都御史徐有贞，也率僚属前往。太监兴安以手作十字形，暗示皇帝病重，拖不过10天。他还对众人说：“公等皆朝廷股肱耳目，不能为社稷计，徒日日问安何益?”大家明白了兴安的意思，回去商议奏稿，准备请求皇帝尽快立储。
十四日，百官齐集于左顺门，商议奏请立储事，并拿出各自的疏稿。大多数官员认为应复立沂王为皇太子，但大学士王文、陈循、萧锐等不同意。萧镃说：“沂王既退，不可再也。”王文则说：“今具请立东宫，安知上意谁属?”于是，萧维校把胡濙等拟好的疏稿中的“早建元良”改为“早择元良”，各衙门长官依次签名上奏。次日，朱祁钰传旨说：“朕偶有寒疾，十七日当早朝，所请不允。”十六日，五直、胡陨、于谦会诸大臣，准备再次请求立储，推学士商格主草。商辂写道：“陛下宣宗章皇帝之子，当立章皇帝了孙。”大家都称赞此语精妙。因为宣宗只有英宗朱祁镇和朱祁钰二子，朱祁钰既然无子，宣宗裔孙也就只有英宗诸子。商辂这样写虽未明确提出复立沂王，实已暗含其义。况且当时人十分看重血缘关系，这样写也容易感动人心。奏疏起草完毕，天色已晚，也就没有上呈，准备次日早朝时奏上。谁能想到，就在这天夜里，变生萧墙，英宗重新登上皇位。
原来，朱祁钰十二日在南郊斋宫召见石亨，让他代为行礼之时，石亨趁机观察朱祁钰，知其果然病重，恐怕将不久于人世。石亨知道有些官员在私下议论建储之事，觉得倒不如请英宗复位，以邀功请赏。从南郊返回后，石亨便找都督张轨、左都御史杨善、太监曹吉祥秘密策划。在太常卿许彬的推荐下，他们又去找颇有智谋的徐有贞，徐有贞觉得这是建立奇功的好机会，也就加入其中，他们一起商议了详细行动计划，并暗中将情况通报给皇太后孙氏和英宗，得到他们的同意。十七日凌晨，他们率兵千余人来到南宫，砸开铁锁，扶英宗上辇，拥到奉天殿。
几天前，朱祁钰曾传旨，谓将于十七日举行早朝。所以，这天百官都在五更前就到午门外朝房等待。忽然，宫中钟鼓齐鸣，官门大开。众人正疑惑间，只见徐有贞走出来，大声宣布说：“太上皇帝复位矣!大家这才知道发生了宫廷政变。在徐有贞的催促下，大家匆忙整班，入宫拜贺。
卧病在床的朱祁钰，听到了钟鼓声和奉天殿传来的喧噪声，知事情有变。他问身边的人：“是于谦吗?”不一会儿，有人报说是太上皇帝复位了，朱祁钰闻听此语，连声说：“好，好！”数年来他一直严加防范、惟恐发生的事，还是发生了。但他此时病体缠绵，自知行将不起，听说兄长复位，心下倒有些释然，毕竟皇位未落入他人之手。
正月二十一日，英宗颁布复值诏书于天下，宣布改景泰八年为天顺元年。据说，复位沼书起初是由内阁诸学士集体起草的，但诸学士依次签名后，唯独徐有贞不肯签，英宗召他询问缘故，他阐述了自己的见解，英宗遂命他重新起草，经三宿才最后完成。徐有贞所草记书，内有“监国之人遽攘当宁之位”等语，对朱祁钰痛加诋毁，把朱祁钰的登位说成是篡夺。二月初一日，又以孙太后的名义发布制谕，宣布废“景泰僧子仍为郕王”。渝中将朱祁钰的人品和政务说的一无是处，颇似泼妇骂街之词，中云：“译败纲常，变乱彝典。纵肆淫酗，信任奸回。毁奉先旁殿，建宫以居妖妓；污缉熙便殿，受戒以礼胡僧。滥赏妄费而无经，贪征暴饮而无艺。府藏空虚，海内穷困。不孝不梯，不仁不义。秽德彰闻，神人共怒。上天震威，屡垂明象，祁钰恬不知省。拒谏饰非，造罪愈甚。既绝其子，又殃其身。”
失去了帝号的朱祁钰被迁到西内居住，生母吴太后复号宣庙贤妃，废后汪氏仍为郕王纪。因曹吉祥保荐刚由钦天监正升为礼部右侍郎的汤序上疏建议削去景泰年号，英宗没有答应。朱祁钰迁到西内，病情曾一度好转，但不久又趋恶化，至十九日薨逝，时年29岁。当时人们传说，朱祁钰是被宦官蒋安用帛勒死的，至于蒋安是票承英宗密令，还是希旨而为，则不得而知了。朱祁钰在位期间，已在昌平天寿山营建寿陵，英宗根据襄王朱瞻墡的奏请，将来祁钰预建陵墓摧毁，而将其以亲王礼葬于西山，葬地与天疡者公主坟毗邻。英宗赐予朱祁钰的谥号为“戾”。按照溢法，“不悔前过曰房”，而戾字又有乖张、罪恶、暴行一类的意思，可见英宗加予此谥，是表示朱祁钰终生为恶、死不改悔。至于朱祁钰对国家的贡献，终英宗之世，自然无人敢于提起。
英宗去世后，子朱见深即位。朱见深即朱见濬。英宗复辟后，改名见深。朱见深登上皇位不久，就开始有人为于谦鸣冤。朱见深在东宫时，也听人说过于谦有安社稷之功，却受无辜之惨，死得实在冤枉。见到为于谦讼冤的奏疏，他深有同感，于是在成化元年(1465年)二月正式下旨为于谦平反。接着，夺门之变后被杀、被废的大臣以及太监，也都陆续平反，不少被贬滴的官员也被召回复职。
在这些举措的刺激下，一些人开始想到为朱祁钰平反的问题。成化三年(1467年)五月，湖广荆门州训导高瑶上疏陈述朱祁钰之冤，说“土木之变”发生后，“宗社危如一发，使非郕王继统，国有长君，则祸乱何由而平?黠虏何由而服?蛮舆何由而还?六七年间，海宇宁温，年谷屡丰，元元乐业，其功不小”。请求为其追加庙号。朱见深将奏疏交廷臣讨论，廷臣都觉得此事关系重大，不敢多嘴，拖了半年多，才回奏说：“郕王继位六七年间，行事具在实录，其庙号非臣下所敢轻议，请自上裁。”廷臣等于什么也没说，推给朱见深自己决定。左春坊左庶子黎淳上疏极言朱祁钰过失，认为不能加以庙号，为其平反，朱见深在其疏上批上“献谄希恩”四字，并说：“景泰已往过失，联不介意，岂臣下所当言!朱见深虽不喜黎淳之言，却也未为朱祁钰平反，事情搁置下来。成化六年(1470年)八月，御史杨守随上流，谓朱祁钰“受命艰危时，削平祸乱，功甚大，殆乃溢以‘房’，公论不平”，朱见深此时正被他事烦扰，未明确表态。
成化十一年(1475年)十二月，朱见深思及朱祁钰功绩，欲为之平反，与阁臣商格等商议，阁臣力言朱祁钰有社稷功，应恢复帝号。朱见深遂降旨，其中说：“向者朕叔邮王践祚，勘难保邦，。奠安宗社，亦既有年。及寝疾临薨之际，奸臣贪功生事，妄兴谗构，请去帝号。”圣旨接着说英宗在世时已知郕王诬枉，所以将奸臣依法惩治，还想为邮王平反，未及举行而去世。先儒说过，祖父有欲为之志而未为，子孙善继其志而成就之，才能算是孝，故尔自己决定继承父志，恢复郕王帝号。圣旨一下，礼部召集廷臣会议，拟上说号曰“恭仁康定景皇帝”，获得批准。十二月二十四日，在奉天门为朱祁钰举行了隆重的加溢仪式。按照溢法，“景”字有“由义而济”、“着意大虑”、“布义行刚”等意思，朱祁钰在危急关头保社稷、安黎民的功业总算得到承认。不过，朱祁钰只有溢号而无庙号，溢号也只4字，而其他皇帝溢号均有16字，故尔朱祁钰在规格上比其他皇帝为低。直到南明弘光时期，才给朱祁钰加上庙号曰“代宗”，溢号也增加了12字，称“代宗符天建道恭仁康定隆文布武显德崇孝景皇帝”。这样，朱祁钰在礼仪规格上与其他皇帝完全平等了。