朱棣在起兵时声称朝中奸臣变乱祖宗成法，破坏祖制。起兵是为了“诛奸恶，保社稷”。为了政治需要，朱棣以朱元璋正统继承人和祖制维护者自居，在诏书中说：“我皇考肇基鸿业，垂法万年，为子孙计，思虑至周”，因此，“凡皇考法制更改者，悉复其旧”。他还一再强调“悉遵皇考成宪，不敢一毫自用”。永乐七年(1409年)，朱棣编成《圣学心法》一书。这部书是采辑“圣贤之言而成”。他在序中又一次强调：“祖宗之法所以为后世也，当敬之守之，不可以忽。”
朱棣执政，特别是在永乐初年，确实是努力恢复洪武旧制的，凡建文年间更改者，罢废殆尽。
首先，朱棣在对众亲王的态度上与建文帝相比有所变化。凡在建文帝年间被废黜幽系的诸忘一律恢复了王位。他们纷纷到京师朝见新天子，朱棣动辄给予大量赏赐。这在表面上看来是遵从臣制以笃亲亲之谊，但实际上却寓有驾驭之意。在胁迫宁王结盟时，朱棣曾许宁王以“事成当中分天下”，但朱棣作了皇帝却不认旧帐，不要说中分天下，就是宁王乞求苏州、钱塘也不获准，终于改封南昌。朱棣还暗中削夺诸王的实际权力及军权。代王、岷王、齐王的护卫先后被削，连同母弟周王的护卫也被迫交出。必臣其力不足与一镇相抗。
建文帝曾说《大明律》量刑较前代往往加重，因而稍稍放宽。朱棣则声称“刑名一以《大明律》科断”。看似恢复祖制，实际《大明律》不能约束他。他的严刑酷法比朱元璋更有过之。他登上皇帝位后，对反对派的残酷杀戮令人发指。更为恶劣的是，朱棣强化了恐怖的特务统治。皇帝的亲军锦衣卫设有监狱，称为诏狱。它曾是朱元璋实行残暴统治的工具。后来朱元璋也认为这太过分，先下令焚毁锦衣卫刑具，继而又宣布内外刑狱不得上交锦衣卫，而由司法机关审理。朱棣上台，重新设立了诏狱，而且刑罚花样翻新，为后世开了恶端。朱棣由藩王夺位，为钳制人口，又用宦官组成了东厂，专门“缉访谋逆妖言大奸恶等”。厂卫联结，形成一个严密的特务网。
苏松重赋是一个由来已久的问题。建文期间曾宣布减免，而且解除苏松人不得在户部作官的禁令，这一德政也在恢复旧制的口号下被取消了。结果是“吴民大困，流亡日多”，特别是在迁都北京之后，苏松农民不仅要交纳重赋还要承担税粮北运的费用，负担更加沉重。更有甚者，朱棣连建文年间限制僧道占田的规定也予以废除。
建文年间，对官制作了若干变革，文职官员的地位有所提高。朱棣上台则强调“悉复皇考之旧”，“纪纲政令一出于天子”。当然，这并不是说朱棣不注重文官，在他身边也常聚集着一些文士。这些人中有翰林待诏解缙，后擢为侍读，有黄淮、杨士奇、胡广、金幼孜、杨荣、胡俨等，多是首先迎附的那批人。他们不仅与皇帝一起说文论史，吟诗作赋，有时还参预机务。这些文士虽接近皇帝，但品级都不高，多为翰林院编修、检讨、侍讲、侍读官。他们在文渊阁入宜，地处内庭，故称内阁。
内阁的出现，是明朝官制的一大变化。以后，阁权日重，逐渐成为明朝政务中枢。
朱棣本性雄毅，并不喜欢拘泥于礼法。这从他不甘作亲王，敢于起兵夺帝位就足以说明了。即位后，朱棣所为又动辄突破祖训。他是怎样自圆其说呢?
朱棣喜欢读《易经》。在他看来，“《易》道妙在变通不失其正，古人‘随时从道’之说最得要领”。朱棣认为：“为学不可不知《易》，只‘内君子，外小人’一语，人君用之，功效不少。”朱棣从《易》的“变通”，从“随时从道”引申出左右逢源的权术。凡事取其适于己者便是“从道”，去其不适于己者也说“从道”。他又从“内君子，外小人”引申出为自己行为辨解的虚伪与狡诈，不论做了什么丑行秽举，一任别人骂为“小人”，只要对人说一声我是“内君子”，便完事了。但朱棣毕竟是凭自己的艰苦征战夺得帝位的，与那些承平年间坐享皇权的帝王不同，带有一些创业之君的作风。
朱棣常以安不忘危告诫群臣。他说：“天下虽安，不可忘危。故小事必谨，小事不谨，将至大患。小过不改，积之将至大坏。皆致危之道也。”永乐十五年(1417年)，他又说；“联德凉薄，托于万姓之上，惧弗克负荷，夙夜抵事，不敢暇豫……夫戒谨者，治之所兴，宴安者，乱之所自。”朱棣确实是个勤奋的皇帝。永乐初，他每天“四鼓以兴，衣冠静坐”，“思四方之事，缓急之宜”，上午有早朝，下午有晚朝，外朝处事完毕，还要处理宫中之事，“闲暇则取经史览阅，未尝敢自暇逸”。有人建议他务简默，他回答说：“人君固贵简默，然天下之大，民之休戚，事之利害，必广询博闻，然后得之”，“不如是不足以尽群情”。因此，他事必亲闻。他曾指责通政司：“四方奏疏非重务者悉不以闻。”他说：“朕主天下，欲周知民情，虽微细事不敢怠忽。盖上下交则泰，不交则否。自古昏君其不知民事者多至亡国……凡书奏关民休戚者，虽小事必闻，联听之不厌也。”他曾令人将中外官员的姓名写在武英殿南廊，间暇观览，以熟悉政情。永乐初年，朱棣处事也较为谨慎。他自称“每退朝静坐，必思今日所行几事，其事于礼如何，于人情如何，若皆合宜，心则安矣；有不合宜，虽中夜必命左右记之，俟旦而改之。盖一事失当，人受其蔽，故不得不勤。”
朱棣对民情也比较关心。永乐元年，他说：“联即位未久，尝恐民有失所，每宫中秉烛夜坐，披阅州郡民籍，静思熟计，何郡近罹饥荒，当加优恤，何郡地近边鄙，当置守备。旦则出与群臣计议行之。近河南数处蝗旱，联用不宁，故遣使省视，不绝于道。如得斯民小康，联之愿也。”
朱棣比起后世皇帝也还算是节俭的。他曾说：“内库所贮，皆天下财，待赏有功，虽联不敢妄费。”永乐十二年(1414年)，一次百官奏事毕，朱棣退朝坐在右顺门，“所服衷衣衣袖敝垢，纳而复出。”有侍臣称赞他贤德，他说：“联虽日十新衣未尝无，但自念当惜福。故每濯更进。”这一点和朱元璋相类。他说：“昔皇砒躬补绩故衣，皇考见而喜曰，皇后富贵勤俭如此，正可为子孙法。故朕常守先训不忘。”
这些叙述，大多源于正史，不免有朱棣的自我标榜，有史臣的溢美，但与明朝中后期的皇帝相较，实胜多多矣。明人称他“英武神授，决机应变，飙发川流，群臣莫窥其际。爱惜下民，屡蠲租赋，犹嗜俭朴，不喜纷华”，均不为无据。可惜，他的好大喜功，使他的政绩大为减色。
朱棣以武力得天下，又以高压治国，但却表现出锐意文治的样子。他喜欢聚众编书，编有《古今列女传》、《历代名臣奏议》、《五经四书大全》、《为善阴骘》、《孝顶事实》等。其中以《永乐大典》最为著名。
永乐元年，朱棣命翰林侍读学士解缙等人，广采天下书籍，分类编辑成书，不厌浩烦。第二年冬便编成了一部大型类书，朱棣命名为《文献大成》。但朱棣仍嫌此书简略，又命姚广孝等人重修，自有书契以来，凡经、史、子、集、百家、天文、地志、阴阳、医、卜、僧、道、技艺各书无不包罗。永乐五年(1407年)，书成，朱棣赐名《永乐大典》。这是一部规模空前的大型类书。全书22937卷，其中仅目录就有l 6卷，共分装11095册，总计约37000万字。自先秦至明初，所引书达七八千种之多，保存了大量的文献资料，价值极为珍贵。大典编成后，因工程浩大，未能刊刻，直到嘉靖、隆庆时，又秒录了一部副本。朱棣修书为了标榜文治，同时也为了进行思想控制。明清之际的人将其比拟于宋朝修《册府元龟》、《太平御览》、《文苑英华》，其用心实有深意。
另一部引人注目的书是《太祖实录》。记载洪武一朝史实的《太祖实录》在建文年间已经修成。但朱棣以为这部实录不利于自己的统治，于是又命人重修。重修之后，朱棣仍然不满意，“又命三修。三修实录历时7年之久才完成，这时朱棣才说：“庶几稍副联心。”重修实录无非是想掩盖历史事实，说明自己做皇帝的合理性。与此同时，朱棣将有关建文的史籍一概禁毁，于自己不利者则片纸不留。他甚至将建文的年号也从实录中抹去，称作“革除”，仍用洪武纪年。所以实录中就有洪武三十二年、三十三年、三十四年、三十五年这样的怪事。因为洪武帝早在洪武二十一年便死了。
在掩盖历史事实的同时，朱棣更懂得从思想意识上进行统治的重要，为此，他进一步强调程朱理学为学术正统。饶州府有个士人叫朱季友，曾向朱棣献上自己的著作，但由于其中“斥濂洛关闽之学，肆其丑诋”，朱棣大怒。他说：“此儒之贼也。惑世诬民，莫甚于此。”“榜(谤)先贤，毁正道，非常之罪。”因此一反常例，敕行人将朱季友押解回乡，命布政司、府、县官及乡之士人“明谕其罪，苔以示罚”，并且“搜检其家，所著书会众焚之”。朱棣派人编辑的《五经四书大全》，其目的就是为了宣扬程朱理学，用以控制士人的思想。朱元璋与朱棣的文化专制政策，对后世的影响至为恶劣，至为深远。而朱棣在这方面的活动较其父实有过
之而无不及。
朱棣对于文士并不是优礼无度的，用舍的关键在十是否听话。一些曾对他辅佐有功的人，稍违其意，便杀之不惜。解缙的遭遇便是典型的例子。朱棣即位，翰林待诏解缙被擢为侍读，与黄淮、杨士奇、胡广、金幼孜、杨荣、胡俨并直文渊阁，参预机务。朱棣伪装偃武修文，优礼文学之士，重修《太祖实录》，编纂《永乐大典》等均以解缙为总裁。但在立太子和对待太子的态度上，解缙得罪了朱棣。先因谏汉王高照“礼制逾嫡”朱棣说他“离间骨肉”；继又因朱棣北征，解缙入京奏事遏见太子，说解缙“无人臣礼”，将解缙逮下诏狱，拷掠备至，由宠臣遽然而成罪囚。永乐十三年(1415年)，朱棣查看锦衣卫的囚籍，见到解绍的姓名，问：“解缮怎么还活着?”锦衣卫的头子纪纲遂令解绍饮酒至醉，埋在雪中冻死。