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1644年顺治元年三月,明朝灭亡.十月,清朝定都北京
1645年顺治二年固始汗赠四世班禅“班禅博克多”尊号。固始汗第六子达赖巴图尔佐理藏事。扎增、赉杜尔伯特兵随豫亲王多锋定江南。
1646年顺治三年八月，达赖喇嘛、固始汗向清顺治奉贡。
1647年顺治四年正月，赤斤蒙古向清奉贡。
1648年顺治五年札雅班第达据蒙古文改制成托忒文。
1650年顺治七年扎萨克图俄木布额尔德尼掠归化城。素巴第卒，子诺尔布嗣。
1651年顺治八年八月，清定会试满、蒙、汉军取中名额。
1652年顺治九年三月，会试分满、蒙榜及汉军汉人榜。
1653年顺治十年本塔尔率属众自喀尔喀至漠南投清。清封图鲁拜琥为”遵文行义敏慧固始汗。
1654年顺治十一年札萨克图汗部遣使表贡。
1655年顺治十二年十一月，定喀尔喀各部贡列。是年，喀尔喀各部遣子弟至清，设喀尔喀八札萨克，分左右翼。土尔扈特部长书库尔岱青遣使奉表贡。
1658年顺治十五年谕车臣岱青等，市易不得任意取道。蒙古人身殁无子者，令其兄弟承受产业。
1661年顺治十八年赐三音诺颜部长丹津喇嘛“遵文顺义”号。
1662年康熙元年喀尔喀内讧，袞布伊勒登投清。
1664年康熙三年谕三音诺颜部不得越界游牧。以戈壁为准，划内、外蒙古界。僧格为准噶尔首领。
1667年康熙六年青海色棱哈坦巴图尔少于伊思丹津投清，封多罗贝勒。准噶尔部僧格遣使入贡。
1671年康熙十年僧格为异母兄车臣，卓特巴巴图尔所杀。噶尔丹自西藏回准噶尔。
1672年康熙十一年正月，噶尔丹遣使进贡。土尔扈特部阿玉奇继位。
1674年康熙十三年青海蒙古犯河西，永固营副将陈达御之，阵殁。
1675年康熙十四年察哈尔布尔尼反清，被平定，将察哈尔改编为八旗，分左右翼，设都统管辖。
1677年康熙十六年十月，噶尔丹攻杀厄鲁特部鄂齐尔图汗。
1679年康熙十八年八月，赐尔丹赠马致书甘肃提督张勇，借道往青海，不允。是年，噶尔丹称汗。
1680年康熙十九年札萨克图汗成衰遣使向清奉贡。
1681年康熙二十年五月，发京仓米贩宣、大及蒙古诸部饥。和罗理遣使入贡。
1682年康熙二十一年十一月，贩四子部落、苏尼特部饥。
1683年康熙二十二年谕车臣汗，三音诺颜部勿越噶尔拜渤海旧游牧界。谕噶尔丹，令约束使者不得在互市时沿途抡掠。
1684年康熙二十三年九月，噶尔丹遣使入贡。
1686年康熙二十五年土谢图汗和札萨克图汗在库伦伯勒齐尔会盟，各遣所收逃众。赐和罗理游牧阿拉善地。
1688年康熙二十七年五月，噶尔丹举兵侵喀尔喀。七月，哲布尊丹巴和土谢图汗为噶尔丹所攻，南下告急。
1689年康熙二十八年十月，土谢图汗等部南奔者饥，分别予以安置。十二月，善巴等请赴宁夏互市。
1690年康熙二十九年三月，札萨克图汗沙喇子巴朗投清，土谢图汗部昆都伦博硕克图衰布率众归清。七月，噶尔丹由乌达罕岭侵喀尔喀，入乌珠穆沁，清分二路出兵击之。八月，噶尔丹被清军击败于乌兰布通。
1691年康熙三十年四月，圣祖巡喀尔喀南下诸部，举行多伦诺尔会盟，改济农、诺颜旧号、封王公，贝勒、台吉。是年，策妄阿拉布坦派兵击噶尔丹据点乌兰古木和撒克里。
1692年康熙三十一年三月，于内蒙古分设五路释站。
1693年康熙三十二年二月，遣官督耕归化城境。策妄阿拉布坦遣使入贡。六月，增加乡试满、蒙、汉军取中名额。
1694年康熙三十三年四月，编审蒙古四十九旗人丁共二十二万六千七百余人，令三丁内择一丁披甲，二丁为备甲。是年，和罗理弟博第率属众百余降，仍与兄同牧。杜尔伯特巴拜降清。
1695年康熙三十四年清遣官往车臣汗部购驼马。罕笃叛遁纳木扎勒，朋素克率兵追之。
1696年康熙三十五年三月，圣祖亲征噶尔丹。五月，清军至克鲁伦河，噶尔丹闻而西走，至昭莫多，为费杨古等军击败。七月，修《平定朔漠方略》。九月，将厄鲁特降人编入满洲正黄等三旗。十一月，将蒙古法令一百五十二条汇编成《理藩院则例》。
1697年康熙三十六年三月，噶尔丹卒。圣祖巡视宁夏，朋素克喇布坦来朝。四月，从满、蒙、汉军选拔贡生，送园子监。
1698年康熙三十七年正月，清封青海蒙古达什巴图尔为和硕亲王等。十二月，遣官至蒙古督教耕种并赈济贫民。
1699年康熙三十八年八月，赈巴林部饥。是年，土尔扈特阿玉奇遣使奉表页。
1700年康熙三十九年十一月，贩巴林部饥。是年，准噶尔部策妄阿拉布坦出兵喀什噶尔，声言出兵击第巴，遣使赴青海。
1701年康熙四十年遣宫往喀尔喀、土默特督教耕种。分别给蒙古贫困台吉马匹。圣祖巡视塞外，驻喀喇乌苏，受车臣汗乌默客朝纫。
1702年康熙四十一年厄鲁特部阿喇布坦投清，封多罗郡王。青海蒙古贝勒纳木扎勒以牧地乏水草，请求徒牧大草滩，不准。
1703年康熙四十二年拉藏汗在西藏继位。
1706年康熙四十五年清封拉藏汗为“翊法恭顺汗”。
1710年康熙四十九年正月，命修《满蒙合壁清文鉴》。晋封喀尔喀褒布子额琳沁为多罗郡王。
1711年康熙五十年封青海蒙古台吉噶尔丹达什、索诺木达什、车棱为辅国公。
1712年康熙五十一年六月，遗侍读图理琛等前往土尔扈特部。十二月，鄂尔多斯饥谨，连年将人口卖与他旗者甚多，遣宫查处。是年，土尔扈特汗阿玉奇使萨木坦等借道俄罗斯到达京师贡方物。
1714年康熙五十三年图理琛等至阿玉奇汗驻地玛努托海。
1715年康熙五十四年五月，图理琛等回到北京。九月，乌梁海附青。拉藏汗立达赖喇嘛。
1716年康熙五十五年三月，命青海蒙古选兵屯噶斯路，防准噶尔兵。以青海蒙古额尔德尼额尔克托克托鼐分领青海左翼，台吉达颜等分领青海右翼。十一月，策妄阿拉布坦派大策凌敦多布率兵六千余人，从准噶尔出发，去西藏。
1717年康熙五十六年三月，清军由阿尔台击准噶尔。十一月，大策凌敦多布占领拉萨，杀拉藏汗。
1718年康熙五十七年三月，侍卫色楞奉命援西藏。十二月，清命允题为抚远大将军驻西宁节制各路军。
1719年康熙五十八年四月，谕抚远大将军停止进兵，暂驻西宁。
1720年康熙五十九年正月，清封罗卜藏噶勒藏嘉穆错为第六世达赖喇嘛。二月，清军分两路向西藏进军。大策凌敦多布遁。八月，清军占领拉萨。
1721年康熙六十年清军由乌兰乌苏进驻吐鲁番。策妄阿拉布坦遣兵犯吐鲁番。
1722年康熙六十一年十一月，圣祖卒，第四皇子雍亲王胤祯嗣。
1723年雍正元年五月。青海蒙古罗卜藏丹津侵掠旁部，清遣使劝阻，罗卜藏丹津反。十月，命年羹尧往青海平定罗卜藏丹津叛乱。
1724年雍正二年正月，西宁郭隆寺喇嘛附罗卜藏丹律反清，为岳钟琪所破。五月，定青海善后事宜十三条。
1725年雍正三年三月，策妄阿拉布坦遣使进贡。四月，清遣使谕策妄阿拉布坦定疆界及贸易事。是年，命阿拉善郡王阿宝居横水。三音诺额部自土谢图汗部分出十九旗为—部，称喀尔喀中路。青海准噶尔、辉特、土尔扈特部不再隶属和硕特部。
1726年雍正四年以车棱旺布领厄鲁特六旗为盟长。乌梁海由车棱旺布及喀尔喀贝勒博贝分辖之。
1727年雍正五年十一月，在库伦建寺，以哲布尊丹巴呼图克图居之。十二月，准噶尔部策妄阿拉布坦卒，子噶尔丹策零继位。是年，土谢图汗部与俄罗斯在库伦、恰克图互市，非市期不允俄罗斯逾楚河界。
1729年雍正七年三月，命靖边大将军傅尔丹、宁远大将军岳钟琪分路出兵击噶尔丹策零。
1730年雍正八年九月，禁察哈尔招汉人开恳。十一月，噶尔丹策零令宰桑马木特以兵二万至科舍图掠驼马。清总兵樊廷等以兵二千奋击之。
1731年雍正九年六月，清军进击噶尔丹策零，败于和通淖尔。七月，清军退至科布多。八月，噶尔丹策零以兵攻科布多，败还。
1732年雍正十年七月，噶尔丹策凌以兵侵乌孙珠尔，清军傅尔丹兵败。八月，噶尔丹策零犯喀尔喀，为额珊策凌败于额尔德尼昭。
1733年雍正十一年四月，在乌里雅苏台筑城屯兵。以定边大将军福彭统军驻乌里雅苏台，额驸策凌进屯科布多。
1735年雍正十三年三月，噶尔丹策零请和，提出划界分守。十月，定蒙古诸部罚牲畜事宜。
1736年乾隆元年正月，清撤北路和西路军还。在乌里雅苏台和鄂尔坤各留兵戍守。噶尔丹策零遣使奉表贡。
1739年乾隆四年十二月，噶尔丹策零遣使表奏分界事，正式划定游牧界。
1740年乾隆五年许噶尔丹策零四年贸易一次。
1741年乾隆六年给鄂尔坤河及乌里雅苏台驻防兵银米，命土谢图汗敦丹多尔济移驻库伦，护哲布尊丹巴，防准噶尔入掠。《蒙古律》告成。
1742年乾隆七年三月，噶尔丹策零奉表贡。是年，札萨克图汗格埒克延五勒卒。子巴勒达尔袭。阿玉奇孙敦罗布喇什继为土尔扈特首领。
1743年乾隆八年四月，噶尔丹策零遣巴布进藏熬茶。
1744年乾隆九年十二月，许噶尔丹策等等至肃州互市。
1745年乾隆十年正月，噶尔丹策零遣使奉表贡，请命西藏派大喇嘛至准噶尔部。九月，噶尔丹策零卒，次子策妄多尔济那木扎勒继。是年，命土谢图汗部札萨克和硕亲王额邻沁多尔济督理俄罗斯边境事。
1748年乾隆十三年四月，策妄多尔济那木扎勒遣使奉贡，请每年在肃州贸易一次。五月，命安置新降厄鲁特于京口。
1749年乾隆十四年九月，禁蒙古各部容留汉人。出租开垦土地。
1750年乾隆十五年六月，驱逐多伦诺尔携眷流民，禁止蒙汉通婚。九月，策妄多尔济那木扎勒被杀，其兄喇嘛达尔扎继位。
1753年乾隆十八年春，达瓦齐与阿睦尔撤纳联合，杀喇嘛达尔扎，达瓦齐继任准噶尔首领。十一月，杜尔伯特部台吉车凌，车凌乌巴什，车凌蒙克率众三千七百余户投清，安置于乌里雅苏台一带游牧。
1754年乾隆十九年三月，收抚乌梁海。四月，内札萨克及喀尔喀咸设正副盟长。新降车凌等悉编旗分佐领，设正副盟长，赐赛因济雅哈图名。五月。在避暑山庄万树园宴三车凌。七月，辉特部台吉阿睦尔撤纳及杜尔伯特台吉纳默库率户五千余附清。十一月，乌梁海编设旗分。
1755年乾隆二十年正月，分西北两路出征准噶尔达瓦齐。六月，准噶尔地方平定，令班第留驻伊犁。达瓦齐败走，为乌什伯克霍集斯俘获，献于清。七月，命编纂《平定准噶尔方略》。八月，阿睦尔撒纳反清。九月，阿睦尔撤纳领兵攻伊犁。十一月，达瓦齐被解至京，释其罪，封亲王。
1756年乾隆二十一年二月，清兵至伊犁，阿睦尔撒纳逃哈萨克。是年七月，青衮咱卜叛，至十一月被俘。
1757年乾隆二十二年正月，青衮咱卜被诛，诸于皆连坐。七月，阿睦尔撒纳逃窜俄境，九月患天花死。
1758年乾隆二十三年正月，俄罗斯送阿睦尔撒纳尸至恰克图，遣官往验。二月，土谢图汗部灾荒，以银万两赈之。
1761年乾隆二十六年三月，罗卜藏锡喇布冒章嘉呼图克图名，沿边肆扰，被擒送京师。
1762年乾隆二十七年青海堵札萨克请给旧牧地，诣以西喇郭勒给之。杜尔伯特左右翼各设副将军一。库伦设办事大臣，满蒙各一人。
1763年乾隆二十八年三月，青海蒙古会盟由二年一次改为三年一次。是年，乌梁海库克辛叛走俄罗斯，车凌乌巴什率兵追杀。土谢图汗部车登三丕勒赴恰克图驻防。
1764年乾隆二十九年十一月，增修乌里雅苏台城，高文六尺，厚二丈，周围共五百丈，东西南各置门。
1765年乾隆三十年七月，土谢图汗部郡王桑齐多尔济与办事大臣丑达私与俄罗斯互市，以罪削爵，杀丑达。
1766年乾隆三十一年土谢图汗部札萨克一等台吉车布登以私易所解达里冈崖马，削职。
1767年乾隆三十二年六月，定蒙古盗卖牧场马匹罪。
1770年乾隆三十五年正月，《平定准噶尔方略》书成。十一月，土尔扈扈特部首领涅巴锡聚集部众，准备东还祖国。
1771年乾隆三十六年正月，土尔扈特朗离开伏尔加河启程东返。六月，土尔扈特部回返伊犁，受到安置。九月，乾隆帝在避暑山庄接见涅巴锡、策伯克多尔济、舍楞等十三人。
1772年乾隆三十七年禁止蒙古王公售阿拉特于内地。定握巴锡等游牧地，称旧土尔扈特；定舍楞等游牧地，称新土尔扈特。
1773年乾隆三十八年四月，渥巴锡请移牧珠勒都斯。
1774年乾隆三十九年渥巴锡卒，长子策琳纳木扎勒承袭。蒙古族天文学家和数学家明安图《割因密串捷法》书成。
1776年乾隆四十一年在开垦之地土默特部设置朝阳县，喀喇沁部设置平泉州。
1780年乾隆四十五年三音诺颜部车布登扎布以擅展牧界削亲王品级。
1781年乾隆四十六年正月，定喀尔喀世爵，同内札萨克四十九旗例。是年，阿拉善亲王罗卜藏多尔济督兵助剿萨拉尔起事回民。
1783年乾隆四十八年二月，以土谢图汗车登多尔济、车臣汗车布登扎布私用乌拉票罪，削盟长，罚俸五年。定喀尔喀四部乌拉章程。
1785年乾隆五十年春，停恰克图互市。定沿边蒙古所需烟、茶、布匹章程。
1786年乾隆五十一年九月，令喀尔喀四部每年各选派十名善射者赴木兰围场。禁青海喇嘛不领路票，私自赴藏。
1787年乾隆五十二年停止汉人娶蒙古妇女禁令。
1789年乾隆五十四年增编《理藩院则例》为二百另九条。
1791年乾隆五十六年九月，谕青海各游牧境内不得容匿番族。许复与俄罗斯在恰克图互市。
1792年乾隆五十七年是年，内地旱灾，允许民人往各蒙古地方谋食。
1793年乾隆五十八年三月，活佛转世规定使用金瓶掣签法。是年，循化等处番族占居蒙古地界，命办事大臣特克慎以兵驱逐之。
1797年嘉庆二年十二月，禁止商贩至土尔扈特、乌梁海等边远游牧地段交易。
1800年嘉庆五年七月，郭尔罗斯地方汉人开垦地亩，酌定租数。是年，在沿边州县设局收税。
1801年嘉庆六年五月，青海蒙古设卡伦，禁蒙古、番族擅自出入。
1802年嘉庆七年八月，停止派大员监临蒙古会盟。定土谢图汗，车臣汗二部事务在库伦会集，与驻库伦办事大臣一同办理。是年，定轮流视察俄罗斯交界处卡伦之制。
1803年嘉庆八年五月，禁贫民携眷属出口。七月，不准汉人另垦地亩侵占游牧处所，已垦地按地纳租。八月，定流民耕垦蒙古土地办法。十月，定青海蒙古和番人地地界及交易规程。
1804年嘉庆九年四月，严禁内地汉人潜往乌里雅苏台北面等处贸易。
1805年嘉庆十年四月，逐三音诺颜部汉民回籍。六月，青海郡王纳罕多尔济呈报蒙古穷困，酌量眼济。九月，令驱逐占据察罕诺们汗等旗之青海番人。
1806年嘉庆十一年五月，阿拉善亲王献吉兰泰盐池。七月，蒙古旗内荒地，未经允许，不准私行招垦。十月，达尔汉王旗界内所留汉民，交通判就近管理。蒙古各旗严定招垦之禁，已佃者不得逐，未垦者不得招垦。
1807年嘉庆十二年十月，禁汉人私入番地，及蒙古人改服番服。
1808年嘉庆十三年十二月，谕哲里木盟禁招纳汉人垦种。
1810年嘉庆十五年十一月，禁流民出关，令蒙古盟长报告已垦地亩及租地民户，并禁再招人佃种。
1811年嘉庆十六年六月，禁蒙古在围场栅木三十里内招汉人垦种。
1812年嘉庆十七年六月，阿拉善吉兰泰盐池，仍归还亲王玛哈巴拉，由官办改为商办。
1814年嘉庆十九年礼部会试蒙古取中二名。十一月，养息牧牧厂闲荒地亩试垦。
1815年嘉庆二十年十二月，修订《理藩院则例》为五百二十六条。
1818年嘉庆二十三年二月，定蒙古地方蒙古、汉人一同犯罪，依大清律问拟，若只有蒙古人犯罪，仍用蒙古例办理。
1819年嘉庆二十四年正月，奏准大青山外界连之蒙古札萨克设卡伦巡缉章程。九月，礼部会试翻译举人，蒙古取一名。
1822年道光二年二月，理藩院定口外喇嘛章程。三月，礼部会试，蒙古取中三名。
1823年道光三年八月，科尔沁蒙古私招流民开垦地亩，传知蒙古不准再行招垦。十月，分青海蒙古河北二十四旗为左右翼。乌里雅苏台地方准商人仍循旧规驮载砖茶、米面贩运。
1825年道光五年四月，哲布尊丹巴呼图克图之牧群牲畜、沙比那尔人丁户口、喇嘛人数，定每三年查核一次。
1828年道光八年八月，松筠奏请添设蒙古官学。
1829年道光九年七月，谕科尔沁台吉等不得招民私垦牧场。
1832年道光十二年三月，礼部会试，蒙古取中三名。五月，命盛京工部侍郎裕泰查办边外科尔沁旗垦荒地亩。
1834年道光十四年六月，达拉特旗台吉和释站蒙古各招民私种牧地，派官驱逐已招者。
1936年道光十六年三月，礼部会试，蒙古取中三名。九月，兵部武会试，蒙古取中四名。十二月，宾图王旗台吉官员招留蒙古；汉人开荒，予以处罚。不准蒙古人用汉人名字。
1837年道光十七年10月，土默特贝勒等私招汉人耕耘牧场，渝令撩荒，并查明治罪。
1840年道光二十年第一次鸦片战争爆发。
1841年道光二十一年10月，英国侵略军攻镇海，两江总督裕谦(蒙古族)率兵抗战，城陷，自尽殉国。
1850年道光三十年4月，哲里木盟科左后旗爆发吴保泰、王柏龄领导的抗租斗争。
1851年咸丰元年1月，太平天国“金田起义”。8月，中俄签订《伊塔通商章程》。
1853年咸丰三年3月，太平天国定都天京(南京)。是年，卓索图盟土默特右旗“八枝箭”人民掀起反王公压迫的斗争。
1854年咸丰四年11月，哲里木盟科左后旗爆发孟玉龄、霍义领导的武装抗租斗争。是年，阿拉善亲王出资开采旗内哈勒津库察山银矿。
1855年咸丰五年5月，僧格林沁攻陷冯官屯，俘李开芳，太平天国北伐军失败。10月，清军捕杀孟玉龄、霍义，科左后旗武装抗租斗争失败。
1856年咸丰六年第二次鸦片战争爆发。
1858年咸丰八年5月，中俄签订《理珲条约》。6月，中俄、中英、中法、中美《天津条约》签订。是年，伊克昭盟乌审旗爆发“独贵龙”反王公斗争。
1859年咸丰九年6月，僧格林沁率蒙古骑兵等于天津大，沽口大败英法侵略军。
1860年咸丰十年8、9月僧格林沁率军于天津海口、通州八里桥等地与英法联军激战，所部蒙古骑兵几全军覆没。 10、11月，中英、中法、中俄《北京条约》签订。12月，白凌阿等于义州起事，东北各族人民大起义爆发。是年，卓索图盟土默特左旗发起“老头会”反抗斗争。
1861年咸丰十一年3月，白凌阿等部起义军攻破朝阳、赤峰县城。
1862年同治元年初，清廷命盛京、吉林、黑龙江将军，热河都统及蒙古各盟旗“协同剿捕”白凌阿起义军。3月，中俄签订《陆路通商章程》。
1863年同治二年冬，土默特左旗“老头会”在绰金太、那木萨赉率领下，发动武装反抗。是年，俄国驻库伦领事馆建成。
1864年同治三年7月，清军攻陷天京，太平天国失败。9月，梵蒂冈天主教廷指定中国蒙古地区为比利时“圣母圣心会”传教区域。10月，中俄签订《勘分西北界约记》。
1865年同治四年土默特左旗“老头会”首领那木萨赉等再次被捕，反抗斗争失败。
1866年同治五年伊克昭盟鄂托克旗爆发“独贵龙”反王公斗争。
1867年同治六年11月，白凌阿、弥勒僧格再次在建昌、朝阳一带发动武装起义。
1868年同治七年2月，白凌阿被清军逮捕杀害。
1869年同治八年1月，弥勒僧格被清军逮捕杀害，东北各族人民大起义失败。4月，中俄《改订陆路通商章程》签订。8月，西北回民起义军攻入阿拉善旗、伊克昭盟境内。
1870年同治九年初，土默特右旗“八枝箭”反抗斗争首领常明被捕。4月，回民起义军进入外蒙古三音诺颜、土谢图汗部地区。11月，回民起义军攻破乌里雅苏台。
1871年同治十年7月，俄国侵略军强占伊犁。
1872年同治十一年夏，回民起义军进入乌兰察布盟，威胁归绥、多伦诺尔。11月，回民起义军围攻科布多三昼夜。
1873年同治十二年春，入侵伊犁等地俄军勒索、抢掠蒙古等各族人民。
1877年光绪三年清政府升昌图厅为昌图府，陆续设奉化、怀德、康平县及辽源州，管辖原科尔沁左翼三旗境内汉民垦区。
1880年光绪六年张之洞奏陈《详筹边计折》。
1881年光绪七年2月，中俄签订《伊犁条约》，再次改订《陆路通商章程》。6月，清政府改呼伦贝尔总管为副都统。
1883年光绪九年梵蒂冈教廷将内蒙古中西部划为东、中、西南三个蒙古教区。
1884年光绪十年伊克昭盟达拉特旗群众烧毁天主教堂。
1891年光绪十七年11月，内蒙古东部汉族农民“金丹道”起义。
1894年光绪二十年中日甲午战争爆发。
1896年光绪二十二年5月，清政府与沙俄签订《中俄密约》，允许俄国修筑贯通中国东北的“东清铁路”。是年，“华俄道胜银行”在中国开业，陆续在哈尔滨、满洲里、库伦、乌里雅苏台等地设立分行。盛京将军奏准垦放养息牧(苏鲁克)牧厂。
1897年光绪二十三年俄人柯乐德筹建“蒙古金矿公司”，陆续开采库伦以北十五处金矿。
1898年光绪二十四年2月，黄思永、胡聘之奏请开垦伊克昭、乌兰察布二盟牧地，以伊盟盟长反对，清廷未准。
1900年光绪二十六年1月，黑龙江将军奏准垦放扎赉特等旗土地。5月，义和团进入内蒙古东部，掀起反教会斗争。 7月，义和团在内蒙古西部掀起反教会斗争。蒙汉群众攻破二十四顷地教堂，处死主教韩默理。八国联军侵占天津，俄国侵略军进占东三省、内蒙古东部。8月，八国联军攻陷北京，俄军进据库伦。阿拉善旗蒙汉群众进占三盛公教堂，驱逐外国传教士。伊克昭盟鄂托克旗蒙汉群众围攻小桥畔教堂，历时48天。秋，刚布、桑布领导的图合木起义爆发。是年，外蒙古车臣汗部桑贝子旗爆发反对代偿王公债务、驱逐汉商的群众斗争。
1901年光绪二十七年5月，科尔沁图什业图亲王色旺诺尔布桑保被起义群众花里亚苏等“逼勒毙命”。6月，山西巡抚岑春煊以庚子赔款难筹，奏请“开晋边蒙地屯垦”。12月，反动王公请俄国侵略军“助剿”图合木起义，起义失败。
1902年光绪二十八年1月，举春煊复奏请开垦蒙地。清政府命贻谷督办垦务，放垦乌兰察布、伊克昭二盟并察哈尔蒙地。3月，清政府派兵部尚书裕德为钦差大臣查办色旺诺尔布桑保身死案，花里亚苏等群众首领被逮捕处死。9月，清政府以乌兰察布、伊克昭两盟盟长阻挠垦务，命理藩院严伤该二盟盟长遵令放垦。是年，喀喇沁郡王贡桑诺尔布在本旗创办“崇正学堂”。
1903年光绪二十九年清政府在内蒙古西部新设五原、陶林、武川、兴和等直隶厅。东清铁路建成。
1904年光绪三十年1月，贻谷以杭锦旗札萨克阿尔宾巴雅尔“抗不遵垦”，奏准清廷革去其伊盟盟长职务。4月，新疆土尔扈特郡王帕勒塔奏陈“筹拟蒙古新政事宜十二条”。11月，清政府新设洮南府并陆续添设靖安、开通、安广、醴泉、镇东县，管辖科尔沁右翼三旗新辟汉民垦区。是年，哲里木盟科尔沁郡王乌泰以全旗矿产牲畜作抵，从沙俄“道胜银行”借款20万卢布。日俄战争爆发。伊克昭盟各旗爆发“独贵龙”武装抗垦斗争。
1905年光绪三十一年10月，准噶尔旗抗垦群众在丹丕尔、门肯吉亚率领下攻破垦务局，焚毁帐簿，驱逐垦务官员。 给事中左绍佐奏请在蒙古设立行省，清政府转饬各疆吏“通盘筹划”。12月，大兴安岭“祥裕木植公司”成立。是年，中国同盟会在日本成立，设国内北部支部负责蒙古等地的活动。
1906年光绪三十二年1月，清政府武力镇压准噶尔旗抗垦斗争，丹丕尔及其全家被杀害。秋，乌泰又向沙俄东清铁路公司借款9万卢布。11月，肃亲王善耆奏陈经营蒙古之策。是年，归化城土默特蒙古青年云亨、经权等加入同盟会。
1907年光绪三十三年5月，清政府裁东北三将军，改设行省；陆续在呼伦贝尔设呼伦道、胪滨府、呼伦县等地方建置。7月，张作霖率清军与白音大赉抗垦队伍激战于彰武。日俄签订密约、协约，划分在中国东北的势力范围。8月，绰克大赉率抗垦群众击毙扎赉特旗垦务官员哈丰阿。9月，察哈尔都统诚勋、绥远城将军贻谷分别奏陈拟改内蒙古中西部为热河、察哈尔、绥远三行省。10月，陶克陶抗垦队伍击毙日本侵略分子一入，与张作霖所部清军激战于德隆烧锅。11月，陶克陶与张作霖激战于两棵树。是年，清朝户部(大清)银行在库伦开设分行。
1908年光绪三十四年2月，张作霖率清军追剿陶克陶、白音大赉，激战于大兴安岭索伦山。5月，清政府为平息民愤，将督办垦务、绥远城将军贻谷革职查办。7月，张作霖攻破牙什所据堡寨，牙什被捕身死，白音大赉脱逃。8月，白音大赉被捕身死。是年末，清政府与俄方议定代偿乌泰俄债，宣布外人不得与蒙旗私订契约。乌泰转欠大清银行债银30万两．
1909年宣统元年1月，驻京蒙古王公那彦图等奏准创办“殖边学堂”。4月，东三省总督徐世昌奏准设立挑(南)昌(图)兵备道。
1910年宣统二年1月，科尔沁宾图郡王棍楚克苏隆奏陈“自强办法”。2月，科尔沁博多勒噶台亲王阿穆尔灵圭奏“整顿蒙疆宜先助修铁路”。4月，陶克陶逃入俄境。5月，清朝设立资政院，以那彦图、贡桑诺尔布等蒙古王公为钦选议员。 9月，清政府发布政令全面解除“蒙禁”。10月，驻京蒙古王公阿穆尔灵圭等创办之“蒙古实业公司”在京成立。是年7月，日俄签订第三次协约、密约。
1911年宣统三年7月，外蒙古封建上层在库伦召集会议，策划“独立”，杭达多尔济赴俄求援。10月10日，武昌起义爆发。中华民国诞生。不久，俄军进驻库伦。外蒙古哲布尊丹巴集团成立“临时总理蒙古国务衙门”。11月9日，清朝口外八旗后路巡防队在归绥起义，蒙古族同盟会员经权、云亨等参与了起义准备活动。陶林、丰镇亦相继起义。30日，外蒙古“临时总理蒙古国务衙门”向清朝驻库伦办事大臣三多递交“独立”文书，限令三多即日离境。12月3日，“临时总理蒙古国务衙门”在库伦街头贴出“独立”文告。4日，三多被俄军押解出境。22日，归绥起义军进驻包头，越二日，遭反动势力袭击，未能控制局面。28日，哲布尊丹巴举行“大蒙古帝国日光皇帝”登极仪式，以“共戴”为纪元年号。